Mikrobiologi klinik adalah suatu cabang ilmu kedokteran medik yang memanfaatkan kompetensi di bidang kedokteran umum dan mikrobiologi kedokteran untuk bersama-sama klinisi melaksanakan tindakan surveilans (memantau distribusi penyakit), pencegahan dan pengobatan penyakit infeksi, serta secara aktif melaksanakan tindakan pengendalian infeksi di lingkungan rumah sakit, fasilitas pelayanan kesehatan lain maupun masyarakat.

Mikrobiologi klinik berperan pada semua tahap proses medis, mulai tahap pengkajian, tahap analisis dan penegakan diagnosis klinik, penyusunan rancangan intervensi medis, implementasi rancangan intervensi medis, sampai dengan tahap evaluasi, dan penetapan tindak lanjut.